Software_SNP_analysis

Vous pourrez trouver sur cette page les éléments permettant l’analyse  des résultats de la puce pharmacologique.

 

  * Téléchargez le dossier contenant :

    o Les fichiers contenant les codes de programmation de PharCRA.

    o Le fichier de synthèse de la puce pharmacogénétique contenant le nom des SNPs, leur position, leur séquences, et les gènes  auxquels ils sont rattachés

    o Le Manuel d’utilisation qui décrit la manière d’installer  et d’utiliser le logiciel.

 

  * PharCRA met à disposition des outils de préparation des  fichiers pour une analyse avec PLINK :

    o La première fonction du menu principal permet de  sélectionner les gènes à conserver ou à exclure pour l’analyse

    o La seconde fonction permet de créer un fichier ’.set’ qui  sert pour certaines analyses de PLINK. Pour l’analyse de PLINK, le fichier ne doit contenir que deux gènes mais cette fonction permet  d’en mettre plus.

    o La troisième fonction permet de traiter les fichiers de sortie du logiciel PLINK afin d’ajouter les colonnes Gènes et/ou position sur le chromosome.

 

Cyril Bourdaillet Cyril.Bourdaillet@parisdescartes.fr